醤油づくりの第一歩は大豆と小麦に麹を混ぜて醤油麹を作ることから始まります。醤油麹は麹室と呼ばれる場所にて3日間一定の温度・湿度のもと前処理した大豆・小麦の表面に麹菌をびっしり繁殖させ造られるのです。
醤油麹が完成すると次に仕込みにはいります。諸味漕に出来上がった醤油麹と食塩水を合わせ、ここから2−3年かけて発酵、熟成させます。その期間常に諸味の状態をチェックし、発酵のすすみ具合を確認しながら、必要に応じて撹拌(櫂入れ)を行い、適切な醸造環境を作るよう注意します。2年以上の歳月をかけて熟成させた諸味を絞り火入れを行います。諸味を絞って得た生醤油を加熱することによって、殺菌をして発酵を止め醤油本来の色、香りを引き出します。
古来より良質な醤油づくりのなかで「一麹、二櫂、三火入れ」という格言があるとおり、この3つの行程が特に重要で難しいとされています。このように醤油は日本酒やワインと同様で、発酵過程を経た純粋な醸造物なのです。